飛機
馬來西亞的國內航線十分便利，比起火車更為快捷省時，如遇打折機票，價格也十分低廉。馬來境內目前有馬航、成功航空（Berjaya Air）、飛螢航空（FlyFirefly）、亞洲航空（Air Asia）等多家航空公司運營國內線路，遊客可以根據目的地選擇適合的航班。
鐵路
馬來西亞的鐵路主幹線有兩條，分別為西海岸線和東海岸線，東西海岸線上又各有一些支線，是境內非常便利的交通手段。不過因火車耗時較長，遊客一般會選擇乘坐巴士，如果時間允許，乘着火車欣賞沿途美景實在是一件令人愉悦的事情。
東海岸線起自與西海岸線接軌的東金馬士，途徑吉蘭丹、彭亨、森美蘭等三個州屬，穿過馬來西亞半島中部併到達馬泰邊境的道北，全長528公里。雖然這條鐵路以東海岸線為名，但實際上全線只有終點站道北才接近馬來半島的東海岸，大多數路段都是穿行於叢林茂密的多山內陸地區，因此東海岸線又有“叢林鐵路”之稱，吸引了許多揹包客旅行者前來體驗。
西海岸線起自馬泰邊境的巴東勿剎，沿着馬來西亞半島西海岸一路直到半島南端，並通過新柔長堤跨越柔佛海峽連接到新加坡的兀蘭關卡，全長950公里。西海岸線途徑玻璃市、吉打、檳城、霹靂、雪蘭莪、森美蘭、馬六甲、柔佛等八個州屬和吉隆坡聯邦直轄區，連接了首都吉隆坡和怡保、北海、新山、亞羅士打等大城市，是馬來西亞鐵路運輸的交通大動脈。
長途汽車
長途汽車是遊客在往返於馬來西亞各大旅遊城市時，除了飛機外，最常使用的一種交通方式。長途汽車站一般就位於市中心內，非常容易找到，行車方向、票價、出發時間一眼明瞭，十分適合外國遊客。
在馬來西亞有多家汽車公司，所以雖是同一條線路，也會因為汽車公司、內部設備的不同，價格有所差異。如果是較長路程，建議乘坐舒適的空調車。此外，節假日出行時，一定要注意提前購票。
渡輪、水翼船
渡輪和水翼船是來往於馬來半島與蘭卡威島、檳城、邦喀島及刁曼島這幾個著名的島嶼之間的重要交通手段。
值得注意的是，前往婆羅洲的旅客沒有水運工具可以搭乘，只能選擇乘坐飛機出行。
公共汽車
馬來西亞境內的公交車線路很多，不僅舒適便利而且價格低廉。但要注意的是，馬來西亞的公交是上車買票，需自備零錢；而且司機不會報站名，要按鈴停車，最好上車前與司機打好招呼，以防坐錯。
出租車
馬來西亞的出租車站一般就設在公交站旁邊，十分便捷。大多數出租車會打表計費，但是個別地方的司機會在上車前與你談妥一個價格後，才會載送。需要注意的是，如果用英語與出租車司機議價，要注意這裏的司機常會分不清15（FIFTEEN）與50（FIFTY），如果是13—19之間的數字最好説成ONETHREE，ONENINE，以防混淆。
租車
如果旅客持有國際駕駛許可證，可在當地租車自駕。不過駕駛人的年齡必須是在21—60歲之間，並領取駕駛執照滿一年以上者。馬來西亞的駕駛方向與國內相反，為左側，開車時需小心，以免走錯車道發生危險。
